Primero que todo

Presupuesto se refiere a estimar cuanto dinero se va a gastar y en repartirlo en diferentes conceptos, que se denominan rubros.
Esa estimación se llama apropiación inicial, y luego de definida se puede cambiar haciendo adiciones de dinero en algún rubro, o traslados desde un rubro hacia otro, etc.
Estos cambios deben estar soportados por algún tipo de acuerdo emanado de las personas responsables en la institución.

Por donde alimento la apropiación inicial?:
Por el menú "Presupuesto->Asientos" Además de la Apropiación inicial, también puede hacer adiciones, traslados y reducciones. Guíese por los ejemplos en la pantalla. El presupuesto Inicial o Apropiación inicial, usualmente DatoSoft se lo ayuda a colocar, enviando simplemente el archivo en Excel en donde lo tenga. preciso.

Una vez que tengo la apropiación inicial digitada, que sigue?
Hacer los documentos de cada contrato, que usualmente son cuatro: Certificado de disponibilidad o CDP Registro presupuestal o RP Orden de pago o OP Comprobante de pago o CP

CDP
Es un documento en donde se certifica que hay plata planeada para gastar en uno o varios rubros. No significa que haya plata física o en bancos, sino simplemente que ese gasto o inversión ya fué previsto y se estimó un dinero para gastar.
Digite la información que le pide el formulario. Puede tener uno o varios rubros.
El campo Fuente se puede dejar en blanco, y de hecho será removido en la siguiente versión del software, debido a que la fuente está codificada dentro del propio códido del rubro.

RP
Es el Registo Presupuestal, un documento en donde se compromete el gasto con un tercero dado.
La única recomendación es escoger donde está la flecha roja en el gráfico que sigue, colocando una descripción breve del objeto del contrato. Si escoge las otras opciones el programa le permite crear órden de servicio o de suministro... pero en la práctica es más fácil no hacerlo.

OP
Nos referimos a la órden de pago. 
Este es el documento presupuestal que genera movimiento contable y que especifica como se le debe pagar al proveedor, detallando los descuentos etc.

Aquí Contador-P, le permite traer asientos programados para la causación con el fin de tener que digitar solo los valores en pesos.

El movimiento contable que aparece por defecto se puede cambiar escogiendo la opción que aparece señalado con la flecha de color rojo.
Ese movimiento contable se especifica por la opción "Configuración->Asientos programados", aunque normalmente ya viene configurado, es posible editarlo y cambiar cuentas.
Si solo hace falta adicionar una o varias cuentas utilizar la opción señalada con la flecha negra.

CP
Es el comprobante de pago, en donde simplemente se cancela la cuenta por pagar de la causación y se saca del banco el dinero que debe recibir el proveedor, habiendo practicado ya los descuentos.